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lncRNA过表达及干扰

lncRNA过表达及干扰载体设计与实验

简介

      长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)是一类长度大于200nt的非编码RNA分子,主要位于细胞核中,少量位于细胞质内。lncRNA在基因表达调控、物种进化、胚胎发育、物质代谢以及肿瘤发生等过程中均具有重要作用。

      根据它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置,主要可以分为以下5种,其所在的位置与其功能有一定的相关性。


lncRNA的主要作用机制

(1)通过在蛋白编码基因上游启动子区发生转录,干扰下游基因的表达;

(2)通过抑制RNA聚合酶Ⅱ或者介导染色质重构以及组蛋白修饰,影响下游基因表达;

(3)通过与蛋白编码基因的转录本形成互补双链,进而干扰mRNA的剪切,从而产生不同的剪切形式;

(4)通过与蛋白编码基因的转录本形成互补双链,进一步在Dicer酶作用下产生内源性的siRNA,调控基因的表达水平;

(5)通过结合到特定蛋白质上,lncRNA转录本能够调节相应蛋白的活性;

(6)作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体;

(7)通过结合到特定蛋白上,改变该蛋白的胞质定位;

(8)作为小分子RNA,如miRNA、piRNA的前体分子转录。

      lncRNA在胚胎发育、谱系分化、基因印迹、疾病发生等过程中都发挥着非常重要的调控作用,是转录调控的重要分支及热点。随着转录组学高通量测序技术的日臻完善,越来越多的lncRNA被发现。但是目前对lncRNA的认知还处在初级阶段,仍需要探索。


lncRNA的功能检测

      lncRNA的功能研究主要采用敲减,过表达等实验手段。lncRNA的敲减是利用RNA干扰(RNA interference, RNAi)方法,即由小干扰RNA(small interfering RNAs, siRNAs)和短发夹RNA(short hairpin RNAs, shRNAs)介导的特异性降解同源RNA,该方法是lncRNA功能研究中最主要、最常见的技术之一。由于绝大多数lncRNA的表达丰度偏低,在组织细胞中过表达lncRNA也是研究其功能的一个有效策略。


服务说明

      枢密科技提供rAAV-LncRNA、rLV-LncRNA等lncRNA过表达载体和干扰载体构建服务,同时可选择携带各种荧光报告基因或抗性基因,适用于普通真核表达、腺相关病毒包装、慢病毒包装与稳转细胞系建立等多种用途。


服务流程

1、客户提交lncRNA资料(ID号或者序列)、构建要求

2、lncRNA过表达载体构建

3、病毒包装

4、稳定细胞株构建(根据客户需要选择,需要客户提供目标细胞)


载体选择


lncRNA敲减服务注意事项

1. 大部分lncRNA的本底表达丰度偏低,在进行干扰服务之前需检测本底表达情况。

2. 不是所有lncRNA通过shRNA敲减技术就能达到期望的干扰效果。一方面大部分lncRNA分布在细胞核内,而RISC沉默复合物主要在细胞质里面,针对细胞核里面的lncRNA,目前的shRNA技术达不到干扰效果。另一方面有些细胞质的lncRNA也存在难以敲降的情况,lncRNA设计6-8条筛选不出来有效的干扰序列,那么可以判定该lncRNA很难被敲低。针对此情况建议采用siRNA(反义核酸),Cas13d等方式进行抑制。


交付内容:

1. 质检报告

2. 测序文件

3. 过表达、干扰质粒/病毒/稳定细胞系


附表


参考文献

1. Ling-Ling Chen.(2015).Linking Long Noncoding RNA Localization and Function. Trends in Biochemical Sciences.

2. Ming-zhe Ma, Yan Zhang.,et al.(2016).Long Noncoding RNA GCASPC, a Target of miR-17-3p, Negatively Regulates Pyruvate Carboxylase–Dependent Cell Proliferation in Gallbladder Cancer. Cancer Research.

3. XIA Tian, XIAO Bing-Xiu.,et al.(2013).Acting mechanisms and research methods of long noncoding RNAs. HEREDITAS

4. Feng Yang, Fan Yi.,et al.(2014)The emerging landscape of long non-coding RNAs. HEREDITAS

5.Johnny T. Y. Kung, David Colognori.,et al.(2013).Long Noncoding RNAs: Past, Present, and Future. Genetics.

6.Longyang Jin, Qiang Cai.,et al.(2018) .Long noncoding RNA MEG3 regulates LATS2 by promoting the ubiquitination of EZH2 and inhibits proliferation and invasion in gallbladder cancer. Cell Death & Diseasevolume.

7. Yiwen Fang,Melissa J.,et al.(2016)Roles, Functions, and Mechanisms of Long Non-coding RNAs in Cancer.Genomics, Proteomics & Bioinformatics.





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